Bachelor Project Bioinformatics / Genomics

2019-2020
This course is offered in Dutch. Some of the descriptions may therefore only be available in Dutch.

Course Objective

Oriƫntatie en voorbereiding op de master Bioinformatics and Systems
Biology.

Course Content

Onder het motto "Discovering the Simplicity of Life" ga je een project
doen in de bioinformatica en/of systeem biologie. In de Life Sciences
hebben zich de laatste 10-15 jaar enorme hoeveelheden data verzameld.
Het Human Genome project was daarvan slechts het (kleine) begin,
ondertussen zijn er vele duizenden menselijke genomen gesequenced, en
daarnaast ook het genoom van tienduizenden andere organismen, varierend
van chimpansee tot gist, en van e. coli tot tomaat. Maar ook
genexpressie, eiwit- en metabolietconcentraties, eiwitinteracties en
post- translationele modificaties (en zelfs eiwitstructuren) worden
tegenwoordig high-throughput gemeten.

Al deze data kan ons veel leren over hoe levende cellen en organismen
werken, maar daarvoor zijn twee dingen van vitaal belang: ten eerste
moet je de enorme hoeveelheden data kunnen verwerken (denk aan opslag en
transport maar ook algorithmen voor analyse), en ten tweede moet je
modellen bouwen op basis van de data, om hypotheses te kunnen testen.

Dat is waar dit bachelorproject over zal gaan. Eerdere projecten gingen
o.a. over het voorspellen van eiwit-interactie interfaces, het bouwen
van een netwerk model van signaaltransductie in het staan van
darmkanker, of het koppelen van genen aan symptomen van depressie en
angststoornissen.

Je wordt begeleid door een van onze promovendi op zijn/haar eigen
onderzoeks onderwerp. In je project, kun je laten zien dat je kennis en
vaardigheden op het gebied van theorie, experimenteel werk, data
analyse, schriftelijk en mondeling rapporteren, etc. die in je bachelor
aan de orde zijn geweest, kunt toepassen. De bacheloropdracht dient
daarmee als 'proeve van bekwaamheid'.

Teaching Methods

Bestudering van relevante vakliteratuur d.m.v. begeleide zelfstudie,
uitvoering van praktische oefeningen en een onderzoeksproject onder
leiding van een promovendus en een docent, schriftelijke en mondelinge
verslaggeving. Er is een handleiding bacheloropdracht beschikbaar.

Method of Assessment

Beoordeling vind plaats op basis van het formulier Bachelorprojecten van
jouw opleiding. Voor verricht werk (65%), verslag (25%) en presentatie
(10%) worden deelcijfers gegeven.

Entry Requirements

Laatste fase (derde jaars) in een Bachelor opleiding van elke beta of
life science discipline (inclusief Medicijnen).

Literature

Nader te bepalen.

Target Audience

Derdejaars Bachelor student in elke beta of life science discipline
(inclusief Medicijnen).

Additional Information

Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12
studiepunten (vakcode X_430041) kan in overleg met de coordinator worden
uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode X_430096).

Docenten: prof.dr. J. Heringa, dr.ir. K.A. Feenstra, dr. S. Abeln (en
anderen).

Custom Course Registration

Neem contact op voor een afspraak met de coordinator.

Recommended background knowledge

Affiniteit met modelleren en/of algorithmische analyse van data.

General Information

Course Code XB_430041
Credits 12 EC
Period Ac. Year (sept)
Course Level 400
Language of Tuition Dutch
Faculty Faculty of Science
Course Coordinator dr. ir. K.A. Feenstra
Examiner dr. ir. K.A. Feenstra
Teaching Staff

Practical Information

You need to register for this course yourself

Last-minute registration is available for this course.

Target audiences

This course is also available as: