Algemene informatie
| Vakcode | X_401036 |
|---|---|
| Studiepunten | 3 EC |
| Periode | P3 |
| Vakniveau | 200 |
| Onderwijstaal | Engels |
| Faculteit | Faculteit der Bètawetenschappen |
| Vakcoördinator | dr. E. Bosdriesz |
| Examinator | dr. E. Bosdriesz |
| Docenten |
dr. S. Abeln prof. dr. J. Heringa dr. J.M. Urtasun Elizari dr. E. Bosdriesz dr. ir. K.A. Feenstra |
|
Onderdeel van opleiding(en)
Bachelor
Gebruik pijltjestoetsen om door de lijst te navigeren, Enter om te selecteren, en Escape om te sluiten.
|
|
Praktische informatie
Voor dit vak moet je zelf intekenen. De inteken- en afmeldtermijnen staan op VU.nl
| Onderwijsvorm | Practicum, Hoorcollege |
|---|
Doelgroepen
Dit vak is ook toegankelijk als:
Dit vak wordt in het Engels aangeboden. Omschrijvingen kunnen daardoor mogelijk alleen in het Engels worden weergegeven.
Doel vak
We kunnen nu de routinematig de DNA sequentie van een menselijk genoomaflezen, of in kaart brengen welke genen wanneer tot expressie komen,
maar begrijpen we eigenlijk wel hoe deze genen werken, samen een levend
organisme vormen, en wat er mis kan gaan? Bioinformatica richt zich op
de vraag wat de biologisch betekenis en functie van DNA (en eiwit)
sequenties is, en probeert antwoorden te geven met behulp van
computationele technieken.
Tijdens deze cursus krijgen studenten een overzicht van de belangrijkste
onderwerpen/technieken binnen de bioinformatica. Hierbij wordt vooral
aandacht besteedt aan de vakgebieden genomics en transcriptomics.
Praktische vaardigheden die studenten aan het eind van deze cursus
beheersen:
- Zelfstandig homologe (verwante) sequenties zoeken van een DNA fragment
in een grote sequentie-database, met behulp van het BLAST algoritme. Er
is speciale aandacht voor een variant van dit algoritme: PSI-BLAST.
- De resultaten van een genexpressie kunnen interpreteren aan hand
grafieken gemaakt met het statistisch programma R.
Verder ontwikkelen studenten ook samenwerkingsvaardigheden, doordat zij
in duo’s aan opdrachten moeten werken.
Inhoud vak
De volgende onderwerpen komen aan bod:Theorie:
- Genomics, sequentie-databases en het zoeken naar homologen in een
database
- Pairwise sequence alignment (Dynamic programming algoritmen)
- PSI-BLAST, evolutionaire profielen en eiwit structuren
- Genexpressie analyse
- Machine learning methoden
Praktijkopdrachten:
- Sequentie-database zoeken: hoe zoek je naar homologe sequenties van
eiwitten of DNA met het programma BLAST.
- Genexpressie: hoe interpreteer je de resultaten van een genexpressie
analyse.
Aanvullende informatie onderwijsvormen
11 bijeenkomsten, bestaande uit 6 hoorcolleges, 4 practica en eenvragenuurtje voor het tentamen.
Toetsvorm
Schriftelijk tentamen (50%) en twee beoordeelde praktische opdrachten(20% en 30%).
Vereiste voorkennis
Voor tweedejaars studenten van een biologisch of beta discipline is geenextra voorkennis noodzakelijk.
Aanvullende informatie doelgroep
2MNW, 3F, 3S, 3-SBI, mBio, mi-Sc, mi-BIOverige informatie
Verplicht voor 2MNW studenten.Derdejaars Bachelor student in elke beta of life science discipline
(inclusief Medicijnen) mogen instromen.