Research Questions in Bioinformatics

2018-2019
Dit vak wordt in het Engels aangeboden. Omschrijvingen kunnen daardoor mogelijk alleen in het Engels worden weergegeven.

Doel vak

• kennismaken met 'echt' wetenschappelijk onderzoek
• formuleren van een onderzoeksvraag & hypothese
• zelfstandig 'diep' gaan in een specialistisch onderzoeksonderwerp
• het onderzoek in context plaatsen

Inhoud vak

Benieuwd naar wat onderzoek nu eigenlijk is? Hier ga je echt de diepte
in. Maak kennis met hoe wij onderzoek doen, hoe je relevante
wetenschappelijke literatuur vindt en leest, en hoe je aan anderen
uitlegt wat het onderzoek nu eigenlijk opgeleverd heeft.

Onderzoek binnen de Bioinformatica richt zich op het ontwikkelen van
(computationele) methodes om biologische experimenten te begrijpen, en
biologische functie te voorspellen. Je zult tijdens dit project
ontdekken waarom Bioinformatica van groot belang is voor o.a. medisch
onderzoek.

Onderwijsvorm

Op het onderwep van je keuze ga je de volgende vier onderdelen doen, die
elk ongeveer een week tijd kosten:
1. je krijgt van een van onze promovendi een recent paper om in te
duiken. Hierdoor kijkt je mee met het onderzoek waar de promovendus op
dit moment mee bezig is (je gaat zelf niet mee werken). De focus is op
het begrijpen van de onderzoeksvraag.
2. je duikt dieper het onderwerp in aan de hand van twee of drie extra
papers. De focus is op het zien hoe de onderzoeksvraag op verschillende
manieren aangepakt wordt (in de verschillende papers).
3. je schrijft een kort populair-wetenschappelijk artikel waarin je de
context van het onderzoek schetst en de onderzoeksvraag uitdiept.
4. je maakt een poster om te presenteren voor de groep.

Toetsvorm

• [25%] populair wetenschappelijk artikel in 1000 woorden, met daarin
kort geformuleerd de onderzoeksvraag, een review van de geraadpleegde
literatuur, en drie figuren: schematische samenvatting onderzoeksmethode
en tenminste een met resultaten/grafiek.
• [25%] beoordeling van artikelen van de andere studenten (peer-review).
• [25%] een poster gebaseerd op het artikel, waarin de peer-review
feedback meegenomen wordt.
• [25%] presentatie (10 minuten) van je poster, met discussie.

Literatuur

* Cursusmateriaal op
www.ibi.vu.nl/wiki/?w=Research_Questions_in_Bioinformatics
* Geselecteerd artikelen ter bestudering en presentatie.

Doelgroep

dit vak is alleen open voor studenten in de minor Bioinformatics and
Systems Biology

Overige informatie

Dit vak loopt in peride 2 en 3, maar is daarbinnen in principe vrij te
roosteren (individueel werk). De peer review zal in Periode 2 of 3
plaatsvinden, afhenkelijk van de aanmeldingen en wensen van studenten.
De presentaties zullen gegeven worden aan het eind van Periode 3
(laatste week januari). Een mogelijke tweede ronde, afhankelijk van het
aantal aanmeldingen, zal plaatsvinden eind Periode 2 (december, laatste
week voor de kerstvakantie).

Om te starten moet een afspraak gemaakt worden met de coördinator van
het vak, en in overleg met de coordinator van de minor Bioinformatics
and Systems Biology. In verband met de onderzoekscomponent, zullen delen
van de cursus in het Engels gegeven worden.

Dit vak maakt deel uit van de Minor Bioinformatics and Systems Biology.

Docenten: prof.dr. J. Heringa, dr.ir. K.A. Feenstra, dr. S. Abeln (en
anderen).

Algemene informatie

Vakcode XB_401081
Studiepunten 6 EC
Periode P2+3
Vakniveau 300
Onderwijstaal Engels
Faculteit Faculteit der Bètawetenschappen
Vakcoördinator dr. ir. K.A. Feenstra
Examinator dr. ir. K.A. Feenstra
Docenten

Praktische informatie

Voor dit vak moet je zelf intekenen.

Voor dit vak kun je last-minute intekenen.

Doelgroepen

Dit vak is ook toegankelijk als: