De microbiële cel

2018-2019

Doel vak

Het introduceren en verdiepen van biologische, modelmatige en
ecologische concepten en technieken die nodig zijn om de microbiële cel
en zijn interne en externe interacties te kunnen gaan begrijpen als de
kleinste en eenvoudigste eenheid van autonoom leven.
Het introduceren en verdiepen van experimentele en modelmatige
technieken waarmee dat leven en zijn interacties bestudeerd kan worden.

Leerdoelen:
1. De geschiedenis, de microscopie, de structuur-functie relaties, de
voeding, het metabolisme, de celdeling en populatiegroei, respiratie-
fermentatie, de kweekmethodes, de systeem-microbiologie, de metabole
diversiteit, de regulatie en de soorten-diversiteit in algemeen-
microbiologische termen kunnen herinneren, begrijpen en toepassen.
2.De geintegreerde regulatie van micro-organismen kunnen toepassen en de
resultaten verkregen in een bijbehorende 'case study' experiment kunnen
verwerken en illustreren in een Excel werkrapport.
3.De micro-organismen als leverancier van nuttige producten en
technieken en de beheersing van micro-organismen in algemene en
industrieel microbiologische termen kunnen herinneren, begrijpen en
toepassen.
4. Zelfstandig experimentele, microbiologische basistechnieken en
microbieel ecologische technieken kunnen uitvoeren, die technieken op
een kritische manier kunnen beschouwen en de bijbehorende rekenarij
kunnen toepassen.
5. Kleine wiskundige modellen in de microbiologie en de microbiële
ecologie kunnen opstellen en toepassen en de achterliggende wiskunde
begrijpen.
6. De metabole diversiteit, de methodes, de habitats, de element-cycli,
biodegradatie en bioremediatie, en symbiose in microbieel ecologische
termen kunnen herinneren, begrijpen en toepassen.
7. Een verslag over een microbieel ecologisch experiment, uitgebreid met
een kleine literatuurstudie, kunnen schrijven.

Niveau 100 (met deels verdieping)

Inhoud vak

De cursus bestaat uit een microbiologisch basisdeel en vier speciale
themadelen. Er zijn in totaal twee schriftelijke deeltentamens (I en
II). In de basiscursus wordt de microbiologische theorie onderwezen en
met experimenten geïllustreerd. Het eerste thema handelt over de
georganiseerde microbiële cel. Integratie van cellulaire regulatie wordt
theroretisch en practisch bestudeerd. De 'case study' wordt afgerond met
het schrijven van een rapport in Excel. De twee volgende thema's, de
microbiële cel als model en de natuurlijke microbiële cel, worden
geïntegreerd onderwezen in twee weken. Een aantal onderwerpen uit de
microbiologie en de microbiële ecologie zal hierbij
theoretisch,praktisch en modelmatig worden bestudeerd. Het onderdeel
modelleren wordt afgesloten met een modelleeropdracht. Het onderdeel
microbiële ecologie wordt afgerond met het het schrijven van een
werkstuk/verslag. Als laatste thema zal de nuttige microbiële cel
centraal staan. Er wordt aandacht gegeven aan biotechnologische en
maatschappelijke aspecten van de microbiologie en de microbiële
ecologie.

Een uitvoerige beschrijving van de cursus zal bij aanvang van de cursus
op Canvas worden geplaatst.

Onderwijsvorm

Contacturen (a-e):

(a) Natte Practica (verplicht):
1. basispracticum microbiologie (25 uur)
2. case study microbiologie (15 uur)
3. practicum microbiële ecologie (15 uur)
(b) Computerpracticum (12 uur; verplicht)
(c) Werkcolleges (5 uur, deels verplicht)
(d) Hoorcolleges (53 uur)
(e) Deeltentamens en computertoets (8 uur)

Een uitvoerige beschrijving van de onderwijsvormen zal bij aanvang van
de cursus op Canvas worden geplaatst.

Docenten:
Dr FC Boogerd

Toetsvorm

Er wordt een schriftelijk tentamen (deel I) afgenomen (theorie en
praktijk) over de basiscursus en de 'case study'; dit cijfer telt mee
voor 62.5 %. Het rapport over de 'case study' moet voldoende zijn. Over
de resterende drie themadelen wordt ook een schriftelijk tentamen (deel
II) afgenomen; dit cijfer telt mee voor 37.5 %. Er is volledige
(éénmalige) compensatie tussen de twee schriftelijke deeltentamens. U
dient verder apart voldoendes te hebben voor het werkstuk/verslag en de
modelleeropdracht. Alleen als het Excel-rapport voldoende is en er apart
voldoendes zijn behaald voor de drie hieronder genoemde onderdelen,
wordt het eindcijfer voor de hele cursus als volgt bepaald:
1. modelleeropdracht (7.5 %),
2. werkstuk/verslag (12.5 %),
3. eindcijfer voor deeltentamen I en II samen (80 %).

De herkansing zal gaan over de gehele leerstof van de deeltentamens I en
II.

Literatuur

1. Brock, Biology of Microorganisms; Madigan, Martinko, Bender, Buckley,
Stahl; Fifteenth global edition; Pearson, Prentice-Hall Inc.
2. De practicumhandleiding microbiologie.
3. De practicumhandleiding microbiële ecologie en biologische modellen.

Naast het bovengenoemde leerboek dienen ook de beide
practicumhandleidingen (theorie en praktijk) bestudeerd te worden voor
de twee schriftelijke deeltentamens.

Doelgroep

Verplicht voor tweedejaars BSc Biologie-studenten

Overige informatie

Een labjas voor de natte practica is verplicht.
Een rekenmachine is nodig bij de natte practica en de beide
deeltentamens. Er wordt voortgebouwd op een deel van de kennis opgedaan
in de cursus 'Biochemie en systeembiologie'.

Toelichting Canvas

U wordt vriendelijk doch dringend verzocht steeds (liefst iedere dag) op
Canvas te kijken en ook uw mail in de Canvas-inbox te lezen. Mocht u
zelf een mail willen versturen dan kan dat alleen via Canvas. Canvas is
nl. HET communicatie-kanaal dat gebruikt zal gaan worden in de cursus.

Aanbevolen voorkennis

Cursus 'Biochemie en systeembiologie'.

Algemene informatie

Vakcode AB_470201
Studiepunten 12 EC
Periode P2
Vakniveau 100
Onderwijstaal Nederlands
Faculteit Faculteit der Bètawetenschappen
Vakcoördinator dr. F.C. Boogerd
Examinator dr. F.C. Boogerd
Docenten dr. F.C. Boogerd
dr. E.N.G. Houben

Praktische informatie

Voor dit vak moet je zelf intekenen.

Voor dit vak kun je last-minute intekenen.

Werkvormen Werkcollege, Deeltoets extra zaalcapaciteit, Hoorcollege, Computerpracticum, Practicum
Doelgroepen

Dit vak is ook toegankelijk als: