Bachelorproject bioinformatics / genomics

2019-2020

Doel vak

Oriëntatie en voorbereiding op de master Bioinformatics and Systems
Biology.

Inhoud vak

Onder het motto "Discovering the Simplicity of Life" ga je een project
doen in de bioinformatica en/of systeem biologie. In de Life Sciences
hebben zich de laatste 10-15 jaar enorme hoeveelheden data verzameld.
Het Human Genome project was daarvan slechts het (kleine) begin,
ondertussen zijn er vele duizenden menselijke genomen gesequenced, en
daarnaast ook het genoom van tienduizenden andere organismen, varierend
van chimpansee tot gist, en van e. coli tot tomaat. Maar ook
genexpressie, eiwit- en metabolietconcentraties, eiwitinteracties en
post- translationele modificaties (en zelfs eiwitstructuren) worden
tegenwoordig high-throughput gemeten.

Al deze data kan ons veel leren over hoe levende cellen en organismen
werken, maar daarvoor zijn twee dingen van vitaal belang: ten eerste
moet je de enorme hoeveelheden data kunnen verwerken (denk aan opslag en
transport maar ook algorithmen voor analyse), en ten tweede moet je
modellen bouwen op basis van de data, om hypotheses te kunnen testen.

Dat is waar dit bachelorproject over zal gaan. Eerdere projecten gingen
o.a. over het voorspellen van eiwit-interactie interfaces, het bouwen
van een netwerk model van signaaltransductie in het staan van
darmkanker, of het koppelen van genen aan symptomen van depressie en
angststoornissen.

Je wordt begeleid door een van onze promovendi op zijn/haar eigen
onderzoeks onderwerp. In je project, kun je laten zien dat je kennis en
vaardigheden op het gebied van theorie, experimenteel werk, data
analyse, schriftelijk en mondeling rapporteren, etc. die in je bachelor
aan de orde zijn geweest, kunt toepassen. De bacheloropdracht dient
daarmee als 'proeve van bekwaamheid'.

Onderwijsvorm

Bestudering van relevante vakliteratuur d.m.v. begeleide zelfstudie,
uitvoering van praktische oefeningen en een onderzoeksproject onder
leiding van een promovendus en een docent, schriftelijke en mondelinge
verslaggeving. Er is een handleiding bacheloropdracht beschikbaar.

Toetsvorm

Beoordeling vind plaats op basis van het formulier Bachelorprojecten van
jouw opleiding. Voor verricht werk (65%), verslag (25%) en presentatie
(10%) worden deelcijfers gegeven.

Vereiste voorkennis

Laatste fase (derde jaars) in een Bachelor opleiding van elke beta of
life science discipline (inclusief Medicijnen).

Literatuur

Nader te bepalen.

Doelgroep

Derdejaars Bachelor student in elke beta of life science discipline
(inclusief Medicijnen).

Overige informatie

Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12
studiepunten (vakcode X_430041) kan in overleg met de coordinator worden
uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode X_430096).

Docenten: prof.dr. J. Heringa, dr.ir. K.A. Feenstra, dr. S. Abeln (en
anderen).

Afwijkende intekenprocedure

Neem contact op voor een afspraak met de coordinator.

Aanbevolen voorkennis

Affiniteit met modelleren en/of algorithmische analyse van data.

Algemene informatie

Vakcode XB_430041
Studiepunten 12 EC
Periode Ac. Jaar (sept)
Vakniveau 400
Onderwijstaal Nederlands
Faculteit Faculteit der Bètawetenschappen
Vakcoördinator dr. ir. K.A. Feenstra
Examinator dr. ir. K.A. Feenstra
Docenten

Praktische informatie

Voor dit vak moet je zelf intekenen.

Voor dit vak kun je last-minute intekenen.

Doelgroepen

Dit vak is ook toegankelijk als: