Inleiding bioinformatica I

2019-2020

Doel vak

We kunnen nu de DNA sequentie van ieder menselijk genoom aflezen, maar
begrijpen we eigenlijk wel hoe deze genen werken en samen een levend
organisme vormen? Bioinformatica richt zich op de vraag wat de
biologisch betekenis en functie van DNA (en eiwit) sequenties is, en
lost dit op met behulp van computationele technieken.

Het vak Inleiding Bioinformatica (I en II) geeft een overzicht van de
bioinformatica en de belangrijkste technieken op dit vakgebied. In
Inleiding Bioinformatica I worden de belangrijkste aspecten en methoden
op het gebied van genomics en sequentie analyse behandeld. Aan het eind
van deze cursus kunnen studenten de biologische en computationele
achtergrond van de technieken begrijpen en zelfstandig een genoom- en
sequentieanalyse uit te voeren.

Inhoud vak

De volgende onderwerpen komen aan bod:

Theorie:
- Genomics en sequentie databases (genoom, sequentie, afgeleide
databases, etc.)
- Genome sequencing technieken
- Gen voorspellingsalgoritmen
- Sequentie analyse (pairwise en multiple sequence alignment, dynamic
programming, sequence database searching)
- Clustering, fylogenie en fylogenetische methoden
- Comparative genomics

Praktijk opdrachten:
- Bioinformatica databases - hoe vind je een eiwit of een gen?
- Multiple Sequence Alignment - hoe vergelijk je meerdere
eiwitsequenties?
- BLAST - hoe zoek je naar homologe sequenties van eiwitten of DNA.

Onderwijsvorm

13 colleges, bestaande uit 10 hoorcolleges en 3 practica.

Vereiste voorkennis

Voor tweedejaars studenten van een biologisch of beta discipline is geen
extra voorkennis noodzakelijk.

Literatuur

Xiong, J., Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006,
ISBN-13: 978-0521600828.

Doelgroep

2MNW, 3F, 3S, 3-SBI, mBio, mi-Sc, mi-BI

Overige informatie

Verplicht voor 2MNW studenten.
Derdejaars Bachelor student in elke beta of life science discipline
(inclusief Medicijnen) mogen instromen.

Algemene informatie

Vakcode X_401036
Studiepunten 3 EC
Periode P3
Vakniveau 200
Onderwijstaal Nederlands
Faculteit Faculteit der Bètawetenschappen
Vakcoördinator prof. dr. J. Heringa
Examinator prof. dr. J. Heringa
Docenten dr. ir. K.A. Feenstra

Praktische informatie

Voor dit vak moet je zelf intekenen.

Voor dit vak kun je last-minute intekenen.

Werkvormen Hoorcollege, Practicum
Doelgroepen

Dit vak is ook toegankelijk als: