Bachelorproject Farmacochemie – Structural Chemical Biology

2018-2019

Doel vak

Het doel van het bachelorproject is dat de student laat zien dat hij/zij
de kennis en vaardigheden, zoals opgedaan in de Bachelor Farmaceutische
Wetenschappen, kan toepassen in een project binnen Structural Chemical
Biology.

Inhoud vak

De interactienetwerken tussen biomoleculen zoals nucleïnezuren en
eiwitten zijn cruciaal voor het goed functioneren van een cel en een
onbalans daarin kan een scala aan ernstige ziekten tot gevolg hebben. We
focussen vooral op belangrijke biomoleculen en hun interactiepartners in
kanker. Hun eiwit-eiwit interacties en eiwit-DNA complexformatie
worden onderzocht. Kleine moleculen zullen worden gebruikt om deze
interacties te moduleren. We zullen ook het mechanisme van interactie
bepalen op een atomair niveau en deze informatie gebruiken om de
potentie van deze ‘small molecule’ modulatoren te optimaliseren. Binnen
het bachelorproject zullen we focussen op een deel van de volgende
technieken uit onze workflow:
- Het subcloneren van genen van interesse in geschikte expressie
vectoren
- Het vervolgens heteroloog tot expressie brengen in bacteriën en het
eiwit opzuiveren via verschillende chromatografische technieken
- De kwaliteit van de opgezuiverde eiwitten zullen analyseren middels
SDS-PAGE gel electroforese en massaspectrometrie.
- Met state-of-the art kristallisatie technieken zoeken en optimaliseren
van kristallisatie condities zodat kristallen van eiwitten met de
modulatoren kunnen worden verkregen
- Röntgen (X-ray) diffractie analyse en gekoppelde structuuropheldering
zal gebruikt worden om de kleine moleculen, die eiwit-eiwit interacties
beïnvloeden, te optimaliseren.

Informatie over het type projecten wordt verstrekt tijdens het ‘Open
House’ en door de docent (op afspraak). De inhoud van het
bachelorproject wordt in overleg met de docent bepaald.

Onderwijsvorm

Het bachelorproject bestaat uit een deel literatuuronderzoek, inclusief
het beschrijven van een onderzoeksvraag, en een experimentele fase,
waarbij de student een project krijgt dat past binnen het
onderzoeksprogramma van
de afdeling, met focus op Moleculaire Farmacologie/ Receptor Biochemie.
Samenwerking zal belangrijk zijn, maar het project zal grotendeels
individueel worden uitgevoerd. De verslaglegging geschiedt middels het
bijhouden van een labjournaal, het schrijven van een eindverslag en het
geven van een presentatie. Dit bachelorproject zal geheel in het Engels
plaatsvinden, zowel qua begeleiding, feedback als verslaglegging en
presentatie.
Aan het einde van het project zal een wetenschappelijke poster over het
onderzoek
worden gepresenteerd tijdens het halfjaarlijkse poster event.

Toetsvorm

Academische attitude (15%), praktische uitvoering (35%), eindverslag
(35%) en presentatie (15%)

Vereiste voorkennis

Alle practica behaald, en:
- 102 EC voor een bachelorproject in periode 2-3 (peildatum: 31 juli)
OF:
- 120 EC voor een bachelorproject in periode 5-6 (peildatum: 15
februari)
Zie voor meer informatie de stagehandleiding Bachelorproject
Farmaceutische wetenschappen

Literatuur

De eerste 2-3 weken worden besteed aan het uitgebreid inlezen in de
achtergrondliteratuur en de binnen het onderzoeksproject gebruikte
methodes. Aan de hand daarvan wordt de inleiding van het eindverslag
geschreven.

Doelgroep

3F

Overige informatie

Neem contact op met de docent dr. Sven Hennig (s.hennig@vu.nl) voor
inhoudelijke informatie over de mogelijke bachelorprojecten.
Dit bachelorproject zal volledig in het Engels plaatsvinden.

Afwijkende intekenprocedure

Neem contact op met de stagecoördinator via stages.far@vu.nl voor vragen gerelateerd aan (digitale) aanmelding en procedures omtrent bachelorprojecten. Zie de stagehandleiding Bachelorproject Farmaceutische wetenschappen voor alle regels en procedures ten aanzien van de inschrijving en uitvoering van het bachelorproject. Alle informatie is ook te vinden op de canvas community "Bachelorproject FAR", waar je jezelf voor kunt enrollen. Je kunt jezelf niet intekenen voor dit vak via VUnet. Als je door de stagecoördinator wordt toegelaten tot dit project, zal je bij het verwerken van het eindresultaat ook worden ingetekend voor dit vak.

Algemene informatie

Vakcode XB_0012
Studiepunten 18 EC
Periode P2+3, P5+6
Vakniveau 400
Onderwijstaal Nederlands
Faculteit Faculteit der Bètawetenschappen
Vakcoördinator dr. D.J. Scholten
Examinator dr. S. Hennig
Docenten

Praktische informatie

Voor dit vak kun je niet zelf intekenen; het onderwijsbureau van jouw faculteit tekent je in.

Doelgroepen

Dit vak is ook toegankelijk als: