Computational (Pharmaco)Chemistry

2024-2025

General Information

Course Code X_435350
Credits 6 EC
Period P4
Course Level 300
Language of Tuition Dutch
Faculty Faculty of Science
Course Coordinator prof. dr. C. Fonseca Guerra
Examiner prof. dr. C. Fonseca Guerra
Teaching Staff prof. dr. F.M. Bickelhaupt
prof. dr. C. Fonseca Guerra
Part of programme(s)

Practical Information

You need to register for this course yourself. The (de)registration deadlines can be found on VU.nl

Teaching Methods Practical, Lecture

Target audiences

This course is also available as:

This course is offered in Dutch. Some of the descriptions may therefore only be available in Dutch.

Course Objective

Het leren van moderne quantumchemische methoden en met name het toepassen daarvan bij het computerondersteund oplossen van farmaco-chemische problemen.

Course Content

Computational chemistry is niet meer weg te denken uit de moderne scheikunde en farmacochemie. Tal van moleculaire eigenschappen kunnen met chemische nauwkeurigheid berekend worden, waardoor experimenteel moeilijk of niet te achterhalen grootheden alsnog bestudeerd of voorspeld kunnen worden.
De experimentator kan hierdoor veel gerichter te werk gaan en het beoogde doel sneller, met minder kosten en een lager verbruik aan grondstoffen en energie bereiken.

Eén van de hoofddoelen van de cursus is het leren van en werken met state-of-the-art quantumchemische en moleculair mechanische methoden en computersoftware. Hierbij komen de traditionele ab initio-methode (Hartree-Fock) en dichtheidsfunctionaaltheorie (DFT) aan de orde. Deze worden onder meer toegepast op het voorspellen van structuren en het verkennen van potentiaaloppervlakken (bijv. t.b.v. het verkrijgen van reactieprofielen).

Een tweede hoofddoel is het verkrijgen van de vaardigheid (experimenteel) farmaco-chemische problemen te vertalen naar een computationele aanpak, die tot een praktische oplossing leidt. Er zal voorts een begin worden gemaakt met het interpreteren van berekende resultaten in termen van modellen van de elektronische structuur. Een wezenlijk punt in deze cursus is het unificerende karakter van computational chemistry: dezelfde theoretische methoden dienen als gereedschap voor het oplossen van diverse vraagstukken uit alle gebieden van de scheikunde, van theoretische en organische chemie tot farmaco- en biochemie.

Additional Information Teaching Methods

De cursus bestaat uit een hoorcollege en een hands-on computer lab.

Method of Assessment

Tentamen en practicum (verslagen).

Literature

Christopher J. Cramer, "Essentials of Computational Chemistry", 2nd Edition, John Wiley & Sons, 2004 (ISBN 0-470-09182-7)

Additional Information Target Audience

3F

Recommended background knowledge

Thermodynamica en Organische Chemie